Egwyddor sylfaenol cromatograffaeth colofn yw gwahanu cymysgeddau yn seiliedig ar wahaniaethau yn affinedd y cydrannau ar gyfer cyfnod llonydd a chyfnod symudol. Mae'n golygu pasio hylif neu nwy (y cyfnod symudol) trwy golofn sy'n llawn deunydd solet (y cyfnod llonydd), lle mae gwahanol gydrannau'r cymysgedd yn teithio ar gyfraddau gwahanol oherwydd eu rhyngweithio amrywiol â'r cyfnod llonydd.
Dyma sut mae'n gweithio'n fwy manwl:
Cyfnod llonydd: Mae'r golofn yn llawn deunydd solet, fel gel silica neu alwmina, sy'n darparu arwyneb i gydrannau'r cymysgedd ryngweithio ag ef. Gall y cyfnod llonydd fod yn begynol neu'n anbegynol yn dibynnu ar natur y gwahaniad.
Cyfnod Symudol: Toddydd neu gymysgedd o doddyddion sy'n symud drwy'r golofn. Mae'r cyfnod symudol yn cludo cydrannau'r cymysgedd trwy'r cyfnod llonydd.
Gwahaniad: Pan fydd y cymysgedd yn cael ei gymhwyso i ben y golofn, mae ei gydrannau'n rhyngweithio â'r cyfnod llonydd i raddau amrywiol. Efallai y bydd gan rai cydrannau atyniad cryf i'r cyfnod llonydd (arsugniad), tra bod gan eraill ryngweithio gwannach a symud yn gyflymach trwy'r golofn.
Elwtion: Wrth i'r cyfnod symudol symud drwy'r golofn, mae cydrannau'r cymysgedd yn cael eu gwahanu yn seiliedig ar eu cysylltiadau gwahaniaethol ar gyfer y cyfnod llonydd. Mae cydrannau â rhyngweithiadau gwannach â'r cyfnod llonydd yn symud yn gyflymach, tra bod y rhai â rhyngweithiadau cryfach yn symud yn arafach.
Casgliad: Mae'r cydrannau sydd wedi'u gwahanu yn gadael y golofn ar wahanol adegau, a gellir eu casglu ar wahân.
Defnyddir cromatograffaeth colofn yn eang mewn cemeg ar gyfer puro cyfansoddion a gwahanu cymysgeddau.