O'i gymharu â thechnoleg distyllu confensiynol, mae gan ddistylliad moleciwlaidd y nodweddion canlynol
1. Mae distyllu arferol yn weithrediad gwahanu ar dymheredd y berwbwynt, tra gellir gwahanu distylliad moleciwlaidd ar unrhyw dymheredd cyn belled â bod gwahaniaeth tymheredd digonol rhwng yr arwynebau oer a poeth. Felly, mae tymheredd gweithrediad y distylliad moleciwlaidd yn llawer is na berwbwynt y deunydd.
2. Mae gan ddistylliad arferol y ffenomen o fyrlymu a berwi, tra bod distyllu moleciwlaidd yn anweddiad rhydd arwyneb y ffilm hylif. Mae'r pwysau gweithredu yn isel iawn. Yn gyffredinol mae tua 0.1 i 1 Pa. Mae'r amser gwresogi yn fyr iawn, fel rheol dim ond deg eiliad i ddegau o eiliadau.
3. Mae anweddiad ac anwedd distylliad cyffredin yn brosesau cildroadwy, ac mae'r cyfnod hylif a'r cyfnod nwy mewn ecwilibriwm cyfnod deinamig. Yn y broses distyllu moleciwlaidd, mae'r moleciwlau sy'n dianc o'r wyneb gwresogi yn hedfan yn uniongyrchol i'r wyneb cyddwysiad, ac yn ddamcaniaethol nid ydynt yn dychwelyd i'r wyneb gwresogi. Y posibilrwydd o ddistyllu moleciwlaidd, felly nid oes unrhyw sylwedd nad yw'n hawdd ei wahanu.